本届亚洲杯亦有备受争议的事件。
维拉潘事件
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2004年7月17日中国队与巴林队比赛后的新闻发布会结束时，亚足联秘书长彼得·维拉潘（英语：Peter Velappan）在讲话中公开批评北京球迷“热情不足”（工人体育场当晚上座率不足六成）且“有些不礼貌”（因球迷对阎世铎及巴林队发出嘘声）[3]，称如果上座率仍然低下，亚足联“将不会把任何比赛放在北京举行”，并指出“即使是对中国足协有什么意见，也不应该在这样的场合表现出来”[4]，甚至怀疑“北京在2008年能否举办一届成功的奥运会”，一时引发争议，多名球迷以“无权对北京奥运做出评价”为由要求维拉潘道歉[5][6]，国家体育总局更是责成中国足协和2004年亚洲杯中国组委会就此撰写书面报告进行说明[7]。7月19日，维拉潘在济南为此公开道歉，并收回自己对北京奥运的质疑[8]。
换门事件
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参见：換門事件
本届亚洲杯8强日本对约旦在加时赛完毕以后，有日本球员中田浩二向执法裁判提出换球网的申请，结果引起了约旦足球队的抗议；后来该裁判在比赛后被世界足协停职。
决赛后冲突
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本届亚洲杯决赛中，曾被卷入换球门事件的日本队球员中田浩二在第66分钟手球破门[9]引发争议，当值主裁却认定进球有效，最终中国队1-3负于日本队，赛后工體及日本駐華大使館外爆发冲突事件[10]。